Um die Züge zwischen Einsätzen abstellen zu können, sind nahe gelegene Abstellanlagen erforderlich. Zwei Flächen fallen ins Auge: Für kurze Zwischenabstellungen wird bereits vorhandene Fläche auf dem Areal des heutigen Güterbahnhofs Rothenburgsort umgebaut. Dafür können die heute als Abstellanlagen genutzten Flächen zwischen Banksstraße und Recha-Lübke-Damm freigegeben werden. Für mehr Kapazität wäre ein Abstellbahnhof auf dem Gebiet der heutigen Kleingartenanlagen in Horn denkbar. Die dadurch entstehende Verlustfläche kann durch den Entfall des Betriebsbahnhofs Langenfelde aufgefangen werden, ferner sind Kompensationsflächen östlich des Öjendorfer Parks denkbar.
Das ICE-Werk in Eidelstedt bleibt bestehen und wird über die Güterumgehungsbahn an den neuen Hauptbahnhof angebunden.
Die Anbindung der Abstellanlagen und bereits existierender Strecken von Harburg und Bergedorf an den neuen Hauptbahnhof erfordert eine Umstrukturierung der Gleisanlagen südlich den Bahnhofs. Südlich des S-Bahnhofs “Hammerbrook Süd” teilen sich die 14 südlichen Zulaufgleise des neuen Hauptbahnhofs auf und schwenken nach Osten und Süden weg.
Der östliche Strang nach Bergedorf quert auf 6 Gleisen (davon zwei für die S-Bahn) die Bille und passiert den S-Bahn-Haltepunkt Rothenburgsort. Nach einem Abzweig zu den Zuführungsgleisen zum Abstellbahnhof Horn und einer Kreuzung der Güterumgehungsbahn fädelt die Strecke am Tiefstackkanal wieder in den Bestand ein. Die S-Bahn-Station Tiefstack wird südlich des Tiefstackkanals neu eröffnet, um eine Ausfädlung zum Ringschluss Ost zu ermöglichen.
Die verbleibenden 8 Gleise (davon zwei für die S-Bahn) schwenken nach “Hammerbrook Süd” gen Süden und überqueren die Bille. Die zwei S-Bahn-Gleise münden auf Höhe der Oberhafenbrücke wieder in den Bestand ein. Den 6 Fernbahngleisen ermöglicht westlich der Billhorner Brückenstraße ein Kreuzungsbauwerk das niveaufreie Einschwenken auf die Bestandsstrecke nach Harburg beziehungsweise die Stillhorner Elbquerung. Zeitgleich kreuzt die Güterumgehungsbahn von der Oberhafenbrücke kommend in Ost-West-Richtung die Gleise niveaufrei. Über einen Abzweig an dieser Stelle werden vom neuen Hauptbahnhof kommend die Abstellanlagen in Rothenburgsort erreicht.
Die Güterumgehungsbahn ist zur Anbindung des ICE-Werks in Eidelstedt an den neuen Hauptbahnhof essenziell. Um eine höhere Kapazität zu erreichen, wird sie zweigleisig ausgebaut. Dieser Ausbau ist in den bestehenden Bauwerken größtenteils berücksichtigt, lediglich das zweite Gleis fehlt.
Die Güterumgehungsbahn kreuzt von Harburg kommend die Stillhorner Elbquerung, verläuft nördlich der Abstellanlage Rothenburgsort und kreuzt die Strecke nach Bergedorf niveaufrei. Nach einer Neutrassierung östlich des Abstellbahnhofs Horn mündet sie auf Höhe der Haltestelle “Rauhes Haus” wieder in den Bestand, wird nördlich des Abzweigs Horn zweigleisig ausgebaut und mündet nördlich der S-Bahn-Haltestelle Eidelstedt in die Gleise des ICE-Werks, wobei ein Anschluss an die Strecke nach Elmshorn erhalten bleibt.
