Wie bei allen Großprojekten lassen sich auch bei diesem Konzept Einschränkungen während der Bauphase nicht vermeiden. Da aber “nur” der Knoten Berliner Tor von Baumaßnahmen betroffen ist, sind keine langjährigen Sperrungen zentraler Hauptverkehrsachsen erforderlich, und lediglich die Relationen Hamburg – Bergedorf sowie Hamburg – Lübeck sind von Einschränkungen betroffen.
Der Baufahrplan sieht vor, Fern- und Regionalverkehr aus Bergedorf über den Oberhafen und den Abzweig Ericus (Strecke 1291) umzuleiten, eine eventuelle Elektrifizierung der Strecke 1245 trägt zur Entlastung der Strecke 1291 bei. Der Fernverkehr der Relation Schwerin – Harburg durchquert Hamburg ohne Halt am Hauptbahnhof und hält ersatzweise in Bergedorf.
Züge der Relation Hamburg – Lübeck können ebenfalls über die Strecken 1291 und eventuell 1245 umgeleitet werden, um den Hauptbahnhof anzusteuern. Auch denkbar ist ein Fahrtende in Hamburg-Hasselbrook, wo Anschluss an die S1/S4 besteht.
Auch das innerstädtische ÖPNV-Netz wird durch die Bauprojekte beeinflusst.
Die zeitweise Unterbrechung der U1 zwischen Lübecker Straße und Meßberg kann durch einen Umstieg in die U3 an der Lübecker Straße umfahren werden.
Die S2 wird während der Bauarbeiten am Berliner Tor nach Rauhes Haus umgeleitet, endet dort und ermöglicht einen Umstieg zur U2/U4 in Richtung Innenstadt. Voraussetzung dafür ist die Vervollständigung des ersten Abschnitts des Ringschluss Ost. Zusätzlich verkehren Busse im Schienenersatzverkehr zwischen Tiefstack, Rothenburgsort und dem Hauptbahnhof. Für Direktverbindungen zwischen Bergedorf und dem Hauptbahnhof halten alle Fernverkehrszüge in Bergedorf und werden für die Nutzung mit Nahverkehrstickets freigegeben.
Für Bauarbeiten am Überwerfungsbauwerk der Linien S3 und S5 ist teilweise eine Taktausdünnung auf den beiden Linien zwischen Hauptbahnhof und Elbbrücken erforderlich. An beiden Haltestellen kann in die U4 Richtung Innenstadt umgestiegen werden, um diese Einschränkungen zu umfahren.
Die S1 und S4 sind von Einschränkungen nicht betroffen.
